Der von eBay angepriesene Käuferschutz bei Verwendung von PayPal als Zahlungsoption wird von Käufern oft verstanden, er könne im Betrugsfall seine Zahlung einfach stornieren. Dies ist ein weitverbreiteter Irrtum, auf den PayPal auch hinweist, denn einer Rückerstattung muss zunächst PayPal – nach mehrwöchiger Prüfung – zustimmen. Teilweise wird von Antragstellern verlangt, auch nach Wochen noch Belege beizubringen (per Fax) oder den Verkäufer (auch bei geringen Beträgen) anzuzeigen; gerade letzteres ist bei Verkäufern in anderen Ländern nur schwer vorstellbar. Darüber hinaus wird zunächst das Konto des Geschädigten mit den Gebühren der Rückabwicklung (zur Zeit 25 $) belastet. Nach eigenen Angaben bemühe sich PayPal, anschließend dem Verkäufer diese Gebühr in Rechnung zu stellen.
Seit kurzem kommt Kritik auf, dass die offiziellen PayPal-E-Mails Phishing-Mails sehr ähnlich seien. Somit werde es Kriminellen leichter gemacht, echt aussehende gefälschte Mails zu verschicken.
Kritikpunkt ist daneben – ähnlich wie bei eBay – auch der standardisierte E-Mail-Verkehr auch bei konkreten Anliegen und der sehr hohe Anteil von Textzeilen in den E-Mails, die mit dem konkreten Zweck nicht in Zusammenhang stehen.
Immer wieder treten im Internet in einschlägigen Foren und Zeitschriften Berichte darüber auf, dass Paypal die Konten seiner Nutzer sperrt, wenn nur der geringste Verdacht besteht, der Kunde gehe terroristischen Aktivitäten nach, oder auch beim behaupteten Verdacht betrügerischer Aktivitäten. Dies trifft auch viele unschuldige Personen, die dann vom Zugriff auf ihr eventuelles Guthaben ausgeschlossen sind. Laut der Ausgabe 12/2006 der Computerzeitschrift PC Professionell werden die Kundendaten bei der Ebay-Tochtergesellschaft mit von der US-amerikanischen Heimatschutzbehörde geführten Listen von Terror- oder Drogenhandel-Verdächtigen abgeglichen. Dabei reiche schon die Namensähnlichkeit mit einem Eintrag aus, um ins Visier der US-Fahnder zu geraten. Unter Umständen wird das Konto gesperrt, der Nutzer kommt für längere Zeit nicht mehr an sein Geld. Stattdessen wird er per Mail aufgefordert, seine Identität amtlich zu beweisen und persönliche Dokumente an eine nicht näher bezeichnete Stelle in Omaha im US-Bundesstaat Nebraska einzureichen, u. a. Kopien des Personalausweises sowie Kreditkarten- oder Stromabrechnungen.